Төлөм системалары методологиясы жана лицензиялоо башкармалыгынын негизги максаты – төлөм системаларынын методологиясын иштеп чыгуу, төлөм системаларынын операторлорун жана төлөм уюмдарын лицензиялоо, ошондой эле эл аралык төлөм системаларынын жана локалдык акча которуу системаларынын операторлорун каттоо аркылуу Кыргыз Республикасында төлөм системаларын жана санариптик технологияларды өнүктүрүү. 

- төлөм системаларын лицензиялоо бөлүмү 

- төлөм системалары методологиясы бөлүмү 

- санарип жана финансы технологияларын өнүктүрүү бөлүмү