Төлөм системаларына көзөмөл башкармалыгынын негизги максаты - Кыргыз Республикасынын төлөм системасына тиешелүү байкоо (оверсайт) жүргүзүү, төлөм системасынын операторлорунун жана төлөм уюмдарынын ишин көзөмөлдөө жана жөнгө салуу жана Кыргыз Республикасынын мыйзамдарында жана Улуттук банктын ченемдик укуктук актыларында каралган талаптарга ылайык, алардын ишине сапаттуу көзөмөл жана жөнгө салуу жана алардын ишине сапаттуу мезгил-мезгили менен текшерүүлөрдү (инспекцияларды) жүргүзүү жолу менен Кыргыз Республикасынын төлөм системасын натыйжалуу, ишенимдүү жана коопсуз колдоого алуу боюнча Улуттук банктын милдеттерин ишке ашыруу. 

- Төлөм системаларына көзөмөл башкармалыгынын төлөм системаларына тышкы көзөмөл бөлүмү 

- Төлөм системаларына көзөмөл башкармалыгынын төлөм системаларын инспектирлөө бөлүмү